Die meisten SNPs, wie sie im Labor bestimmt werden, sagen zunächst noch nichts über das Vererbungspotenzial eines Tieres aus. Erst mit statistischen Methoden werden die Zusammenhänge zwischen SNPs und den züchterisch interessanten Eigenschaften aufgedeckt. Die nötigen Daten liefern nachzuchtgeprüfte Stiere, deren Vererbungsmuster weitreichend bekannt ist. Dazu sind viele untersuchte nachzuchtgeprüfte Stiere notwendig, vermutlich über tausend; je mehr desto besser.

Sind die Beziehungen einmal ermittelt, lassen sich bereits für junge Tiere anhand der SNP-Untersuchungen in Kombination mit den Informationen über ihre Eltern bereits Zuchtwerte ermitteln, die eine deutlich höhere Sicherheit aufweisen als reinen Abstammungszuchtwerte. Wie sicher diese genomischen Zuchtwerte sind, ist in erster Linie davon abhängig, wie gut die Beziehung zwischen SNPs und Zuchtwerten geschätzt werden kann und welche Erblichkeit (Heritabilität) das Merkmal aufweist.

Wie sicher sind genomisch optimierte Zuchtwerte (GOZW) im Vergleich zu traditionellen Zuchtwerten (ZW)? Es gibt verschiedene Untersuchungen dazu, zum Beispiel von Van Doormaal (2009) bei kanadischen Holsteinern für eine Auswahl an Merkmalen:

Sicherheit der Zuchtwerte (Bestimmtheitsmass, B%) Holstein Kanada (Van Doormaal, 2009)

Der Einbezug der SNP-Informationen bringt somit in erster Linie bei Kälbern einen wesentlichen Zuwachs an Sicherheit gegenüber der bisherigen Methode. Aber auch Kühe können mit den SNP-Informationen sicherer bewertet werden als es die traditionelle Zuchtwertschätzung mit Eigenleistung und Vorfahreninformation vermochte. Demgegenüber ist bei Stieren, die im eigenen Land geprüft werden, keine wesentliche Zunahme der Sicherheit mehr zu erzielen.